ઉજ્જૈન (મધ્યપ્રદેશ) માં આવેલુ આ જ્યોતિર્લીંગ એકમાત્ર દક્ષિણામુખ જ્યોતિર્લીંગ છે. એટલા માટે આ જ્યોતિર્લીંગનું પૌરાણીક અને તાંત્રીક મહત્વ સૌથી વધુ છે. આ જ્યોતિર્લીંગ પણ સ્વંયંભૂ છે. મહાકાલ જ્યોતિર્લીંગના સાચા મનથી દર્શન કરનારને કદાપી મૃત્યું કે બીમારીનો ભય રહેતો નથી. હકીકતમાં મહાકાલ જ્યોતિર્લીંગને દેવતાની સાથે સાથે ઉજ્જૈનના રાજાના સ્વરૂપે પણ પૂજાય છે. આને ઉદ્વવની કથામાં અવંતિકાના રાજાના રૂપમાં પણ પ્રતિષ્ઠિત કરાયા છે.
અવંતિકાના રાજા વૃષભસેન ભગવાન શિવના અનન્ય ભક્ત હતાં. તેઓ પોતાનો સંપૂર્ણ સમય શિવ ભક્તિમાં પસાર કરતાં હતાં. એક વખત પડોશના રાજાએ અવંતિકા પર હુમલો કરી દીધો. વૃષભસેનની સેનાએ તે હુમલાને નિષ્ફળ કરી દીધો. ત્યારે આક્રમણકારી રાજાએ એક રાક્ષસ દુશનની મદદ લીધી જેને અદ્રશ્ય થવાનું વરદાન મળેલું હતું. દુશને અવંતિકા પર ખુબ જ આતંક મચાવ્યો. આ સમયે અવંતિકાના લોકોએ ભગવાન શિવને યાદ કર્યા ત્યારે ભગવાન શિવ ત્યાં સાક્ષાત પ્રગટ થયાં અને તેઓએ અવંતિકાની પ્રજાની રક્ષા કરી. ત્યાર બાદ રાજા વૃષભસેને ભગવાન શિવને અવંતિકામાં રહેવાની અને અવંતિકાના પ્રમુખ બનવાની વિનંતી કરી. રાજાની પ્રાર્થના સાંભળી ભગવાન શીવ ત્યાં જ્યોતિર્લીંગ સ્વરૂપે પ્રગટ થયાં. ભગવાન શિવને આજે પણ ઉજ્જૈનના શાસક માનવામાં આવે છે.
દૂષણ નામના દૈત્યના અત્યાચારથી જ્યારે ઉજ્જૈનના રહેવાસીઓ ત્રાસી થઈ ગયા, ત્યારે તેમણે પોતાની રક્ષા કરવા માટે શિવની આરાધના કરી. આરાધનાથી પ્રસન્ન થઈને ભગવાન શિવ જ્યોતિના રુપમાં પ્રગટ થયા. દૈત્યનો સંહાર કર્યો અને ભક્તોના આગ્રહથી લિંગના સ્વરૂપમાં ઉજ્જૈયિનીમાં પ્રતિષ્ઠિત થઈ ગયા. - શિવપુરાણમાં વર્ણવામાં આવેલી કથા અનુસાર.
